Nightmare Mode hiện là chế độ khó nhất trong trò chơi (không bao gồm các chế độ sự kiện, The Void, hoặc
Endless Mode). Kẻ địch trong chế độ này có lượng máu gần như cao nhất trong trò chơi và thường xuyên làm choáng các đơn vị. Nếu bạn vượt qua, bạn sẽ nhận được 600 Coins, gấp 1.5 lần so với
Hard Mode (400 Coins).
Trùm cuối của chế độ này là
Giant Smooth Toilet, với 2,505,000 HP, gấp hơn hai lần so với trùm cuối của Hard Mode (
Boss Toilet 3.0) với 835,000 HP.
Chế độ này không khuyến nghị cho người chơi thiếu kinh nghiệm. Ngay cả khi bạn sở hữu nhiều đơn vị Epic và thậm chí một đơn vị Legendary, bạn vẫn sẽ gặp khó khăn. Bạn cần ít nhất một đơn vị Mythic và một đơn vị medic để hồi phục các lần bị làm choáng (không bắt buộc nhưng rất hữu ích). Các đơn vị farm như
Santa TV Man giúp bạn dễ dàng giành chiến thắng hơn nhờ cung cấp thêm tiền.
Nightmare Mode giới thiệu nhiều loại kẻ địch khác nhau, từ các kẻ địch rất nhanh như Flying Buzzsaw
Toilet, các kẻ địch spam làm choáng như
Octo Rocket Toilet, hoặc các kẻ địch có lượng máu cực kỳ cao như
Scientist Toilet.
Chế độ này cũng bổ sung nhiều trùm cuối, bao gồm:
Glitch Toilet: Kẻ địch nhanh, có thể ra khỏi đường chạy để làm choáng các đơn vị.
Massive Buzzsaw Oven: Kẻ địch chậm, trâu, có khả năng làm choáng bằng cách ra khỏi đường chạy.
Scientist Toilet: Sử dụng móng vuốt để làm choáng nhanh các đơn vị.
Dual Claw Laser Toilet: Làm choáng bằng cả móng vuốt và tia laser.- Giant
Smooth Toilet: Trùm cuối ở làn sóng 50 với 2,505,000+ HP, có khả năng làm choáng bằng cưa và móng vuốt.